Pierce nutrì un forte interesse per la metafisica e la teologia. I concetti fondamentali della concezione pierciana della realtà sono quelli di possibilità, evoluzione e amore. In conformità con la sua concezione fallibilistica della scienza, Pierce ritiene che la realtà non sia dominata dalla necessità, ma dal caso. Per caso, tuttavia, egli intende non il disordine caotico e l'assenza di ogni regolarità, ma soltanto la mancanza di una necessità che costringa ogni aspetto della realtà entro una totalità ordinata.
La realtà, lungi dall'essere solo disordine e caoticità, presenta una tendenza progressiva verso l'ordine e l'unità : questa tendenza è data dall'evoluzione, nella quale è riscontrabile il principio del 'sinechismo', cioè della continuità tra natura animata, inanimata e facoltà umane ; della continuità tra gli strati precedenti e quelli successivi e quindi anche tra la materia (considerata come spirito dormiente) e le manifestazioni spirituali della realtà caotica.
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